После окончания ускоренных курсов  в январе 1942 года младший лейтенант  Алихан Макоев был направлен на фронт. Командиром пулеметной роты  885 сп 295 сд Северо-Кавказского фронта, в составе которой дошел до Берлина. Свою первую боевую награду  – медаль " За боевые заслуги" получил за успешно выполненную операцию  по захвату  и доставке офицера штаба соединения немецкой армии из села Дзагепбарз, что в трех километрах от Чиколы, где родился и вырос Алихан.

Во время войны был 7 раз ранен, из них два раза – тяжело, но каждый раз возвращался в боевой строй.

29 сентября 1943 года в боях под Мелитополем Алихан Макоев, приняв командование батальоном, овладел с. Альт-Мукталь и важной высотой 102,1. За этот бой он был награжден орденом Красного Знамени, а затем утвержден командиром батальона.

За умелое руководство батальоном при форсировании Днепра и удержании плацдарма на его правом берегу и проявленный при этом личный героизм Алихан Макоев был награжден орденом Ленина. 

В апреле 1945 года  на подступах к Берлину Алихан Макоев поднял батальон в атаку и овладел выгодным рубежом, отлично действовал в уличных боях в городе. Со своим батальоном очистил несколько кварталов города от врага, в том числе, монетный двор Рейхсбанка.

За  умелое руководство батальоном, личное мужество и отвагу майор Алихан Амурханович Макоев был представлен к званию Героя Советского Союза.

28 марта 1981 года на 59 году жизни Героя Советского Союза  подполковника  А.А. Макоева не стало. Похоронен на территории Братской могилы в Чиколе – рядом с теми, с кем в  конце декабре 1942 года освобождал свое родное село.